Karang Makassar，也就是更著名的Manta Point，是科莫多国家公园最大的潜水点，长约3公里，宽400-500米。它是一个浅水漂流潜水点，南面是美丽的珊瑚礁，北面是沙丘，中间是碎石珊瑚底，散布着曼塔清洁站。

最著名的 "岩洞"（印尼语译名），巴图博隆岛因拥有最丰富的海洋生物和珊瑚而备受欢迎，同时也是 "水流城 "的中心地带。

在Mawan(当地语言中的 "美丽")，有蝠鲼清洗站。这个地方位于科莫多国家公园的中心地带。这里的地形由白色的沙坡和珊瑚园及珊瑚礁组成。这是一个适合初学者的潜水地点。最大深度为30米。

巴图提加位于科莫多国家公园的中心区域。这是一个高级潜水点，因为这里通常有强大的水流。潜水的亮点包括有很好的大鱼的栖息地，如Napoleon wrasse、石斑鱼、巨鲹和梭鱼。最大深度为35米。

塔瓦克西尔位于科莫多国家公园的中心地带。这个潜水点的亮点是由软珊瑚和硬珊瑚组成的珊瑚花园。最大深度为30米。这个地方适合有经验的潜水员，因为水流条件可能很强。

Siaba Kecil位于科莫多国家公园的中心区域。这里的地形由悬崖和珊瑚园组成。这是一个高级潜水点，因为这里的潜水条件是中度到强的。这个潜水点的亮点是软硬珊瑚。最大深度为30米。

Siaba Besar的潜水点大多是浅水区，不受科莫多的洋流保护。它由一个沙质的海底，华丽的硬珊瑚花园，和一个平缓的坡度通向水道组成。这是一个完美的潜水点，适合潜水初学者、海龟爱好者以及那些喜欢轻松、惬意而又美丽的潜水爱好者。

Tatawa Besar位于科莫多国家公园的中心区域。这里的地形是一个倾斜的礁石，是一个适合所有水平的潜水员的地方。水流可以是温和到适中的，提供了一个轻松的漂流潜水。最大深度为30米。

黄金通道位于科莫多国家公园北区。它是一个倾斜的地方，最大深度为25米。由于水流条件一般较强，适合有经验的潜水员下潜。

中国店位于科莫多国家公园的北部地区。这里的地形是平缓的斜坡，是一个容易潜水的地方。由于目前的情况比较温和，所以欢迎所有级别的潜水员来此潜水。最大深度为20米。