De undersøiske ruiner blev opdaget af en lokal dykker i 1986 og er et populært dykkersted i Yonaguni sammen med hammerhajer. Det ligger ca. 15 minutter fra havnen. En enorm trappeformet mur strækker sig ca. 250 m øst-vest og 150 m nord-syd for at danne ruinerne.

Der ligger en ubeboet ø ca. 15 km sydvest for den sydlige ende af Iriomote Island, som hedder Ogan. Ca. 1 time med båd fra Iriomote Island. Den berømte "Eastern Root" er et dynamisk terræn med enorme skjulte rødder, der rejser sig fra havbunden på 40 meters dybde. Dette er et avanceret sted på grund af den hurtige strøm.

Iriomote Island er også kendt som "Østens Galapagos". Omkring 90 procent af øen er dækket af urskov. Der er 300 til 400 meter høje bjerge, mere end 40 floder og mange vandfald. Derfor kommer folk her ikke kun for at dykke, men også for at nyde øens natur.

Hateruma Island ligger syd for Iriomote Island. Man kan komme dertil med færge fra Ishigaki Island, men man kan også komme dertil fra Iriomote Island for at dykke. Der er ingen busser eller signaler på øen. Alle dyk er båddyk. Det tiltrækkende ved Hateruma er den høje klarhed, som nogle gange overstiger 50 meter, og du kan nyde det smukke blå hav, der flyder gennem det rene hvide sand. Der er mange sandede punkter på den nordvestlige kyst og drop-off punkter og store vandrefisk på den østlige kyst.

Yonara Channel passerer mellem Iriomote Island og Kohama Island, og den er 6 km lang og omkring 500 til 900 m bred. Strømmen er konstant og til tider meget stærk. Dette er altid et driftdyk på dybder mellem 9 og 30 meter.

Dette er en lille ø i den østlige del af Iriomote Island, ca. 16 km i omkreds. Der ligger et luksuriøst resort-hotel på øen. Mellem denne ø og Iriomote Island ligger Yonara Waterway. Der er omkring 400 slags farverige koraller som bordkoral og eda-koral omkring øen, og de tropiske fisk er meget smukke. Der er flere steder i Yonara Waterway, hvor man kan støde på manta-rays.

Kuroshima ligger på den sydvestlige del af øen Ishigaki. Det tager cirka 30 minutter med båd fra Ishigaki Island. Vanddybden er omkring 17 meter. Der er ingen strøm, og det er sjovt for begyndere. Den største del af stedet er en rod, hvor der er en stime af gulflankerede koralrevfisk, og tætheden af fiskeskygger er overvældende. Mange kødædende fisk, herunder store havtasker, har samlet sig for at drage fordel af dette. Man kan også se havål i de sandede områder undervejs.

Dette sted ligger på nordsiden af øen Taketomi, cirka 15 minutter i båd fra øen Ishigaki. Der er flere huller, hvor bobler strømmer ud af det mørtelformede sand i en dybde af 20 meter. Dette er et unikt sted, hvor varmt kildevand strømmer ud.

Dette dykkersted, som ligger på nordvestsiden af Ishigaki Island, har et af de højeste antal møder med mantarokker i verden. Det kan nås med båd på 10 til 15 minutter. Vanddybden er omkring 10-20 m, og tidevandet er relativt roligt, men kan til tider blive stærkere. En lille bakke midt i havet er en rensestation, hvor mantarokkerne kommer på besøg. Manta rays svømmer rundt på 5-10 meters dybde, så du kan se dem ved at snorkle.

Yonehara Reef ligger på et punkt i Kawadaira på den nordlige del af øen Ishigaki. Dette sted er kun tilgængeligt for både. Den gennemsnitlige dybde er 5 til 30 meter. Der er en koralhylde på 5 til 6 meters dybde, som falder ned i et sandområde på 20 til 25 meters vand med tre rødder, tæt befolket med bord- og hvirvelkoraller.