Esta es una pequeña isla en el este de la isla Iriomote, de unos 16 km de circunferencia. Hay un lujoso hotel resort en la isla. Entre esta isla y la isla de Iriomote está el canal de Yonara. Hay alrededor de 400 tipos de corales de colores como el coral de mesa y el coral eda alrededor de la isla, y los peces tropicales son muy hermosos. Hay varios puntos en el canal de Yonara donde se pueden encontrar manta rayas.

Kuroshima se encuentra en la parte suroeste de la isla Ishigaki. Se tarda unos 30 minutos en barco desde la isla Ishigaki. La profundidad del agua es de unos 17 metros. No hay corriente y es divertido para los principiantes. La parte principal del sitio es una raíz donde hay un banco de peces de arrecife de coral de flancos amarillos y la densidad de las sombras de los peces es abrumadora. Muchos peces carnívoros, incluyendo grandes meros, se han reunido para aprovechar esto. Las anguilas jardineras también pueden verse en las zonas arenosas a lo largo del camino.

Este lugar está situado en el lado norte de la isla de Taketomi, a unos 15 minutos en barco de la isla Ishigaki. Hay varios agujeros donde brotan burbujas de la arena en forma de mortero a una profundidad de 20 metros. Este es un lugar único donde brota agua de manantial de aguas termales.

La isla de Iriomote es también conocida como "las Galápagos del Este". Cerca del 90% de la isla está cubierta por un bosque primitivo. Hay montañas de 300 a 400 m de altura, más de 40 ríos y muchas cascadas. Por ello, la gente viene aquí no sólo para bucear, sino también para disfrutar de la naturaleza de la isla.

Este sitio de buceo, situado en el lado noroeste de la isla Ishigaki, tiene una de las tasas más altas de encuentros con manta rayas en el mundo. Se puede llegar en barco en 10 o 15 minutos. La profundidad del agua es de alrededor de 10-20m y la marea es relativamente tranquila, pero a veces puede ser más fuerte. Una pequeña colina en medio del mar es una estación de limpieza donde las manta rayas vienen a visitar. Las manta rayas nadan a una profundidad de 5 a 10 metros, por lo que se pueden ver haciendo snorkel.

El arrecife de Yonehara se encuentra en el punto de Kawadaira, en la parte norte de la isla Ishigaki. Este sitio es sólo una entrada de barco. La profundidad media es de 5 a 30 metros. Hay una plataforma de coral de 5 a 6 metros de profundidad que cae en un área arenosa en 20 a 25 metros de agua con tres raíces, densamente poblada de corales de mesa y de remolino.

La isla Hateruma está al sur de la isla Iriomote. Puedes ir allí en ferry desde la isla Ishigaki, pero también puedes llegar desde la isla Iriomote para bucear. No hay autobuses ni señales en la isla. Todas las inmersiones son desde un barco. El atractivo de Hateruma es su gran claridad, que a veces supera los 50 metros, y puedes disfrutar del hermoso mar azul que fluye a través de la pura arena blanca. Hay muchos puntos de arena en la orilla noroeste y puntos de bajada y grandes peces migratorios en la orilla este.

Hay una isla deshabitada a unos 15 km al suroeste del extremo sur de la isla de Iriomote, que se llama Ogan. A una hora en barco de la isla de Iriomote. La famosa "Raíz Oriental" es un terreno dinámico con enormes raíces ocultas que se elevan desde el fondo del mar a una profundidad de 40 metros. Este es un punto avanzado debido a la rápida corriente.

Las Ruinas Submarinas fueron descubiertas por un buceador local en 1986 y es un popular lugar de buceo en Yonaguni junto con los tiburones martillo. Está a unos 15 minutos del puerto. Una enorme pared en forma de escalera se extiende unos 250 m de este a oeste y 150 m de norte a sur para formar las ruinas.

La isla más occidental de Japón. Está más cerca de Taiwán que la isla Ishigaki. Desde la isla Ishigaki se tarda unos 45 minutos en llegar en avión. El punto culminante de esta isla es la alta probabilidad de ver tiburones martillo. Entre ellos, este es el punto en el que las rocas, como los edificios, se erigen verticalmente desde el fondo del mar a una profundidad de 35 metros.