Al NO y SE de Cheeca Rocks, el Área de Preservación del Santuario (SPA) de Alligator Reef une los arrecifes poco profundos de los Cayos Superiores y los arrecifes más profundos de los Cayos Medios. Esta ZPE rectangular es un pequeño banco de arrecifes que protege un sistema de espolones y surcos, la cresta del arrecife y una parte de la cresta de escombros del noreste.