Batu Tiga está situado en la zona central del Parque Nacional de Komodo. Este es un sitio de buceo de nivel avanzado ya que normalmente hay una fuerte corriente. Lo más destacado de la inmersión incluye un excelente hábitat para peces grandes como el pez napoleón, el mero, el mero gigante y la barracuda. La profundidad máxima es de 35 metros.

Las Tres Hermanas son tres grandes rocas conectadas entre sí, todas cubiertas de corales, esponjas azules, y están llenas de vida. Se sumergirán a la sombra de la corriente y terminarán la inmersión en los picos que coronan a 6, 7 y 8 metros respectivamente. Puede que tengas la suerte de ver rayos cruzando en la cima de los pináculos.

Pillarsteen cuenta con dramáticas paredes, impresionantes nados y enormes corales látigo. Este sitio de buceo no tiene refugio del oleaje del Océano Índico, por lo tanto, esperen que haya oleaje. Cuando el oleaje está en calma, puedes ver fantásticas criaturas macro desde manzanas de mar hasta corales látigosos asociados a los camarones.

El Jardín Secreto ofrece un gran escenario tanto para los entusiastas de la macro como para aquellos que buscan especies más grandes. Con un arrecife de suave pendiente, en las zonas poco profundas este sitio cuenta con una rica variedad de bombas de coral, además de que los corales blandos sirven de anfitrión para enormes cardúmenes de peces de arrecife.

Karang Makassar, o Manta Point como es más conocida, es el sitio de buceo más grande del Parque Nacional de Komodo, con aproximadamente 3 km de largo por 400-500 m de ancho. Es un sitio de buceo de poca profundidad con un hermoso arrecife de coral al sur, dunas al norte, y un fondo de coral en escombros en el medio, dispersos con estaciones de limpieza de manta.

El arrecife de Makassar, también conocido como Punta Manta, está situado en la zona central del Parque Nacional de Komodo. Tiene un fondo de escombros y es un sitio de buceo para principiantes. La profundidad máxima es de 18 m. Este sitio se considera una inmersión a la deriva.

El Callejón de la Manta está situado en la zona sur del Parque Nacional de Komodo. La topografía es inclinada con una composición de fondo de arrecife de coral, vegetación y roca. Este sitio de buceo es adecuado para todos los niveles de buceadores. Hay una alta posibilidad de condiciones de grandes olas. La profundidad máxima es de 40 metros.

El más famoso "Agujero en la roca" (de la traducción de Indonesia),Batu Bolong es popular por albergar la más amplia variedad de vida marina y coral, pero también por estar en el corazón de la "Ciudad actual".

En Mawan ("hermoso" en el idioma local) hay estaciones de limpieza de manta. Este sitio está situado en la parte central del Parque Nacional de Komodo. La topografía consiste en una ladera de arena blanca con un jardín de corales y un arrecife periférico. Este es un sitio de buceo para principiantes. La profundidad máxima es de 30 m.

El Pasaje Dorado está situado en la zona norte del Parque Nacional de Komodo. Es un sitio inclinado con una profundidad máxima de 25 metros. Un sitio adecuado para buzos experimentados ya que las condiciones de la corriente son generalmente fuertes.