Mission Bay n'est pas l'endroit le plus désirable pour la plongée, mais c'est un excellent endroit de secours, surtout pour les classes d'eau libre, pour quand la houle de l'océan est trop forte pour la plongée. La baie est protégée, donc l'eau est toujours calme mais la visibilité n'est pas grande et il n'y a pas trop de choses à voir.