Batu Tiga est situé dans la zone centrale du parc national de Komodo. C'est un site de plongée de niveau avancé car il y a généralement un fort courant. Les points forts de la plongée comprennent un excellent habitat pour les gros poissons comme le napoléon, le mérou, la carie géante et le barracuda. La profondeur maximale est de 35 mètres.

Les Trois Soeurs sont trois grands rochers tous reliés entre eux, tous recouverts de coraux, d'éponges bleues, et qui regorgent de vie. Vous plongerez à l'ombre du courant et terminerez la plongée sur les pics qui culminent respectivement à 6, 7 et 8 mètres. Vous aurez peut-être la chance d'apercevoir des rayons qui se croisent au sommet des pinacles.

Pillarsteen se vante de ses murs spectaculaires, de ses passages à la nage époustouflants et de ses énormes coraux fouettés. Ce site de plongée n'est pas à l'abri de la houle de l'océan Indien, il faut donc s'attendre à une forte affluence. Lorsque la houle est calme, vous pouvez apercevoir de fantastiques macrocritères, des pommes de mer aux crevettes partenaires de corail fouetté.

Le Jardin secret offre des paysages magnifiques pour les amateurs de macro et pour ceux qui recherchent des espèces plus grandes. Avec un récif en pente douce, ce site présente, dans les hauts-fonds, une riche variété de bombes coralliennes, et les coraux mous servent d'hôte à d'énormes bancs de poissons de récif.

Karang Makassar, ou Manta Point comme il est plus connu, est le plus grand site de plongée du parc national de Komodo, avec environ 3 km de long sur 400-500 m de large. C'est un site de plongée en dérive peu profond, avec un magnifique récif corallien au sud, des dunes au nord et un fond de corail en décombres entre les deux, parsemé de stations de nettoyage de manta.

Le récif de Makassar, alias Manta Point, est situé dans la zone centrale du parc national de Komodo. Il possède un fond de décombres et est un site de plongée convivial pour les débutants. La profondeur maximale est de 18 m. Ce site est considéré comme une plongée dérivante.

Manta Alley est située dans la zone sud du parc national de Komodo. La topographie est inclinée et le fond est composé de récifs coralliens, de végétation et de roche. Ce site de plongée est adapté à tous les niveaux de plongeurs. Il y a une forte possibilité de conditions de grandes vagues. La profondeur maximale est de 40 mètres.

Le plus célèbre "Trou dans le rocher" (de la traduction indonésienne), Batu Bolong est populaire pour accueillir la plus grande variété de vie marine et de corail, mais aussi pour être au cœur de la "Ville des courants".

A Mawan ("belle" dans la langue locale), il y a des stations de nettoyage de manta. Ce site est situé dans la partie centrale du parc national de Komodo. La topographie consiste en une pente de sable blanc avec jardin de corail et récif frangeant. C'est un site de plongée adapté aux débutants. La profondeur maximale est de 30 m.

Golden Passage est situé dans la zone nord du parc national de Komodo. C'est un site en pente avec une profondeur maximale de 25 mètres. C'est un site qui convient aux plongeurs expérimentés car les conditions de courant sont généralement fortes.