Karang Makassar, ou Manta Point comme il est plus connu, est le plus grand site de plongée du parc national de Komodo, avec environ 3 km de long sur 400-500 m de large. C'est un site de plongée en dérive peu profond, avec un magnifique récif corallien au sud, des dunes au nord et un fond de corail en décombres entre les deux, parsemé de stations de nettoyage de manta.

Le plus célèbre "Trou dans le rocher" (de la traduction indonésienne), Batu Bolong est populaire pour accueillir la plus grande variété de vie marine et de corail, mais aussi pour être au cœur de la "Ville des courants".

A Mawan ("belle" dans la langue locale), il y a des stations de nettoyage de manta. Ce site est situé dans la partie centrale du parc national de Komodo. La topographie consiste en une pente de sable blanc avec jardin de corail et récif frangeant. C'est un site de plongée adapté aux débutants. La profondeur maximale est de 30 m.

Batu Tiga est situé dans la zone centrale du parc national de Komodo. C'est un site de plongée de niveau avancé car il y a généralement un fort courant. Les points forts de la plongée comprennent un excellent habitat pour les gros poissons comme le napoléon, le mérou, la carie géante et le barracuda. La profondeur maximale est de 35 mètres.

Tatawa Kecil est situé au centre du parc national de Komodo. Le point culminant de ce site de plongée est le jardin de corail mou et de corail dur. La profondeur maximale est de 30 mètres. Ce site convient aux plongeurs expérimentés car les conditions actuelles peuvent être fortes.

Siaba Kecil est situé dans la zone centrale du parc national de Komodo. La topographie se compose de surplombs et d'un jardin de corail. C'est un site de plongée de niveau avancé car les conditions actuelles sont modérées à fortes. Le point culminant de ce site de plongée est le corail mou et le corail dur. La profondeur maximale est de 30 mètres.

Le site de plongée de Siaba Besar est pour la plupart peu profond, protégé des courants de Komodo. Il est composé d'un fond sableux, de magnifiques jardins de coraux durs et d'une pente douce menant à un canal. C'est le site de plongée parfait pour les plongeurs débutants, les amoureux des tortues et pour ceux qui apprécient une plongée facile et relaxante mais néanmoins magnifique.

Tatawa Besar est situé dans la zone centrale du parc national de Komodo. La topographie est celle d'un récif en pente et constitue un site adapté à tous les niveaux de plongeurs. Le courant peut être léger à modéré, offrant une plongée dérivante facile. La profondeur maximale est de 30 mètres.

Golden Passage est situé dans la zone nord du parc national de Komodo. C'est un site en pente avec une profondeur maximale de 25 mètres. C'est un site qui convient aux plongeurs expérimentés car les conditions de courant sont généralement fortes.

Le magasin China Shop est situé dans la partie nord du parc national de Komodo. La topographie est une pente douce, ce qui en fait un site de plongée facile. Tous les niveaux de plongeurs sont les bienvenus car les conditions actuelles sont douces. La profondeur maximale est de 20 mètres.