Karang Makassar, atau yang lebih dikenal dengan nama Manta Point, adalah tempat menyelam terbesar di Taman Nasional Komodo dengan panjang sekitar 3km dan lebar 400-500m. Tempat ini merupakan lokasi penyelaman dangkal dengan terumbu karang yang indah di sebelah selatan, bukit-bukit pasir di sebelah utara, dan reruntuhan karang di antara keduanya, yang tersebar di beberapa tempat pembersihan manta.

Makassar Reef, alias Manta Point, terletak di area tengah Taman Nasional Komodo. Memiliki dasar reruntuhan dan merupakan tempat menyelam yang ramah bagi pemula. Kedalaman maksimum adalah 18 m. Situs ini dianggap sebagai penyelaman melayang.

Di Mawan ("indah" dalam bahasa lokal) terdapat stasiun pembersihan manta. Lokasi ini terletak di bagian tengah Taman Nasional Komodo. Topografinya terdiri dari lereng berpasir putih dengan taman karang dan terumbu karang tepi. Ini adalah lokasi penyelaman yang ramah untuk pemula. Kedalaman maksimum adalah 30 m.

Salah satu tempat menyelam kelas dunia. Cocok untuk penyelam tingkat lanjut dan/atau berpengalaman, karena arusnya yang kuat, Batu Bolong menawarkan beberapa kawanan ikan yang besar, banyak ikan pelagis dan berbagai jenis hiu di kedalamannya.

Secret Garden menawarkan pemandangan yang luar biasa bagi para penggemar makro dan mereka yang mencari spesies yang lebih besar. Dengan terumbu karang yang landai, di perairan dangkal, situs ini memiliki beragam jenis karang, ditambah karang lunak yang menjadi tempat tinggal kawanan ikan karang.

Police Corner terletak di area tengah Taman Nasional Komodo. Topografi di sini meliputi tebing-tebing besar. Ini adalah lokasi penyelaman tingkat lanjut dengan arus sedang hingga kuat. Sorotan utama termasuk karang lunak dan keras yang indah. Kedalaman maksimum adalah 30 m.

Siaba Kecil terletak di area tengah Taman Nasional Komodo. Topografinya terdiri dari hamparan karang dan taman karang. Ini adalah lokasi penyelaman tingkat lanjut karena kondisi saat ini sedang hingga kuat. Daya tarik utama dari lokasi penyelaman ini adalah karang lunak dan karang keras. Kedalaman maksimum adalah 30 meter.

Siaba Besar juga disebut Kota Penyu dan terletak di daerah pusat Taman Nasional Komodo. Tempat ini merupakan lokasi penyelaman yang umumnya ramah bagi pemula dengan gunung-gunung karang, terumbu karang, dan area dasar berpasir.

Three Sisters adalah tiga batu besar yang saling terhubung satu sama lain, semuanya ditutupi dengan karang, spons biru, dan penuh dengan kehidupan. Anda akan menyelam di bawah naungan arus dan menyelesaikan penyelaman di puncak-puncaknya yang masing-masing setinggi 6, 7, dan 8 meter. Anda mungkin cukup beruntung untuk melihat ikan pari melintas di atas puncak.

Tatawa Kecil terletak di pusat Taman Nasional Komodo. Daya tarik utama dari lokasi penyelaman ini adalah taman karang yang terdiri dari karang lunak dan karang keras. Kedalaman maksimum 30 meter. Situs ini cocok untuk penyelam berpengalaman karena kondisi arus yang kuat.