Batu Tiga terletak di kawasan tengah Taman Nasional Komodo. Ini adalah lokasi penyelaman tingkat lanjut karena biasanya arusnya kuat. Sorotan dari penyelaman ini mencakup habitat yang sangat baik untuk ikan besar seperti napoleon wrasse, kerapu, ikan selar raksasa, dan barakuda. Kedalaman maksimum adalah 35 meter.

Three Sisters adalah tiga batu besar yang saling terhubung satu sama lain, semuanya ditutupi dengan karang, spons biru, dan penuh dengan kehidupan. Anda akan menyelam di bawah naungan arus dan menyelesaikan penyelaman di puncak-puncaknya yang masing-masing setinggi 6, 7, dan 8 meter. Anda mungkin cukup beruntung untuk melihat ikan pari melintas di atas puncak.

Pillarsteen memiliki dinding yang dramatis, lorong renang yang menakjubkan, dan karang cambuk yang besar. Lokasi penyelaman ini tidak memiliki tempat berlindung dari ombak Samudra Hindia, oleh karena itu, bersiaplah untuk menghadapi ombak besar. Saat ombak tenang, Anda dapat melihat makhluk makro yang fantastis, mulai dari apel laut hingga udang cambuk.

Secret Garden menawarkan pemandangan yang luar biasa bagi para penggemar makro dan mereka yang mencari spesies yang lebih besar. Dengan terumbu karang yang landai, di perairan dangkal, situs ini memiliki beragam jenis karang, ditambah karang lunak yang menjadi tempat tinggal kawanan ikan karang.

Karang Makassar, atau yang lebih dikenal dengan nama Manta Point, adalah tempat menyelam terbesar di Taman Nasional Komodo dengan panjang sekitar 3km dan lebar 400-500m. Tempat ini merupakan lokasi penyelaman dangkal dengan terumbu karang yang indah di sebelah selatan, bukit-bukit pasir di sebelah utara, dan reruntuhan karang di antara keduanya, yang tersebar di beberapa tempat pembersihan manta.

Makassar Reef, alias Manta Point, terletak di area tengah Taman Nasional Komodo. Memiliki dasar reruntuhan dan merupakan tempat menyelam yang ramah bagi pemula. Kedalaman maksimum adalah 18 m. Situs ini dianggap sebagai penyelaman melayang.

Lorong Manta terletak di bagian selatan Taman Nasional Komodo. Topografinya landai dengan komposisi dasar berupa terumbu karang, vegetasi, dan bebatuan. Lokasi penyelaman ini cocok untuk semua level penyelam. Ada kemungkinan besar terjadi kondisi ombak besar. Kedalaman maksimum adalah 40 meter.

Salah satu tempat menyelam kelas dunia. Cocok untuk penyelam tingkat lanjut dan/atau berpengalaman, karena arusnya yang kuat, Batu Bolong menawarkan beberapa kawanan ikan yang besar, banyak ikan pelagis dan berbagai jenis hiu di kedalamannya.

Di Mawan ("indah" dalam bahasa lokal) terdapat stasiun pembersihan manta. Lokasi ini terletak di bagian tengah Taman Nasional Komodo. Topografinya terdiri dari lereng berpasir putih dengan taman karang dan terumbu karang tepi. Ini adalah lokasi penyelaman yang ramah untuk pemula. Kedalaman maksimum adalah 30 m.

Golden Passage terletak di daerah utara Taman Nasional Komodo. Ini adalah lokasi yang landai dengan kedalaman maksimal 25 meter. Tempat yang cocok untuk penyelam berpengalaman karena kondisi arus umumnya kuat.