Reruntuhan Bawah Laut ditemukan oleh penyelam lokal pada tahun 1986 dan merupakan tempat menyelam yang populer di Yonaguni bersama dengan hiu martil. Jaraknya sekitar 15 menit dari pelabuhan. Sebuah dinding besar berbentuk tangga membentang sekitar 250m timur-barat dan 150m utara-selatan untuk membentuk reruntuhan.

Ada sebuah pulau tak berpenghuni yang berjarak sekitar 15 km barat daya dari ujung selatan Pulau Iriomote, yang disebut Ogan. Sekitar 1 jam dengan perahu dari Pulau Iriomote. "Akar Timur" yang terkenal adalah medan yang dinamis dengan akar-akar besar yang tersembunyi yang menjulang dari dasar laut pada kedalaman 40 meter. Ini adalah tempat yang maju karena arusnya yang deras.

Pulau Iriomote juga dikenal sebagai "Galapagos dari Timur". Sekitar 90 persen pulau ini ditutupi oleh hutan purba. Ada gunung setinggi 300 hingga 400 m, lebih dari 40 sungai dan banyak air terjun. Oleh karena itu, orang-orang datang ke sini tidak hanya untuk menyelam, tetapi juga menikmati alam pulau.

Pulau Hateruma berada di sebelah selatan Pulau Iriomote. Anda dapat pergi ke sana dengan feri dari Pulau Ishigaki, tetapi Anda juga dapat pergi ke sana dari Pulau Iriomote untuk menyelam. Tidak ada bus atau sinyal di pulau ini. Semua penyelaman adalah penyelaman dengan perahu. Daya tarik Hateruma adalah kejernihannya yang tinggi, terkadang melebihi 50 meter, dan Anda dapat menikmati laut biru yang indah yang mengalir melalui pasir putih yang murni. Ada banyak titik berpasir di pantai barat laut dan titik-titik penurunan serta ikan-ikan besar yang bermigrasi di pantai timur.

Selat Yonara melintas di antara Pulau Iriomote dan Pulau Kohama, dengan panjang 6 km dan lebar sekitar 500 hingga 900 m. Arusnya konstan dan terkadang sangat kuat. Ini selalu merupakan penyelaman melayang di kedalaman 9 hingga 30 meter.

Ini adalah pulau kecil di sebelah timur Pulau Iriomote, dengan keliling sekitar 16 km. Ada sebuah hotel resor mewah di pulau ini. Di antara pulau ini dan Pulau Iriomote terdapat Jalur Air Yonara. Ada sekitar 400 jenis karang berwarna-warni seperti karang meja dan karang eda di sekitar pulau ini, dan ikan-ikan tropis yang sangat indah. Ada beberapa titik di Yonara Waterway di mana Anda dapat menemukan ikan pari manta.

Kuroshima terletak di bagian barat daya Pulau Ishigaki. Dibutuhkan waktu sekitar 30 menit dengan perahu dari Pulau Ishigaki. Kedalaman airnya sekitar 17 meter. Tidak ada arus dan sangat menyenangkan untuk pemula. Bagian utama dari situs ini adalah akar di mana terdapat sekumpulan ikan terumbu karang yang diapit kuning dan kepadatan bayangan ikan yang luar biasa. Banyak ikan karnivora, termasuk kerapu besar, berkumpul untuk mengambil keuntungan dari hal ini. Belut taman juga dapat dilihat di area berpasir di sepanjang jalan.

Tempat ini terletak di sisi utara Pulau Taketomi, sekitar 15 menit dengan perahu dari Pulau Ishigaki. Ada beberapa lubang di mana gelembung-gelembung menyembur keluar dari pasir berbentuk lesung pada kedalaman 20 meter. Ini adalah tempat yang unik di mana mata air panas memancar.

Lokasi penyelaman yang terletak di sisi barat laut Pulau Ishigaki ini memiliki salah satu tingkat perjumpaan dengan pari manta tertinggi di dunia. Tempat ini dapat dicapai dengan perahu dalam waktu 10 hingga 15 menit. Kedalaman airnya sekitar 10-20 meter dan ombaknya relatif tenang tetapi terkadang bisa menjadi lebih kuat. Sebuah bukit kecil di tengah laut merupakan tempat pembersihan tempat pari manta datang berkunjung. Pari manta berenang di kedalaman 5 hingga 10 meter, sehingga Anda dapat melihatnya dengan snorkeling.

Terumbu karang Yonehara ditemukan di titik di Kawadaira, di bagian utara Pulau Ishigaki. Tempat ini hanya bisa dimasuki dengan perahu. Kedalaman rata-rata adalah 5 hingga 30 meter. Ada sebuah rak karang di kedalaman 5 hingga 6 meter yang turun ke area berpasir di kedalaman 20 hingga 25 meter dengan tiga akar, yang dihuni oleh karang meja dan pusaran.