De Underwater Ruins werden ontdekt door een lokale duiker in 1986 en is een populaire duikplek in Yonaguni samen met hamerhaaien. Het is ongeveer 15 minuten van de haven. Een enorme trapvormige muur overspant ongeveer 250m oost-west en 150m noord-zuid om de ruïnes te vormen.

Er is een onbewoond eiland op ongeveer 15 km ten zuidwesten van het zuidelijke uiteinde van Iriomote Island, dat Ogan heet. Ongeveer 1 uur met de boot vanaf Iriomote Eiland. De beroemde "Eastern Root" is een dynamisch terrein met enorme verborgen wortels die uit de zeebodem rijzen op een diepte van 40 meter. Dit is een geavanceerde plek vanwege de snelle stroming.

Het eiland Iriomote wordt ook wel de "Galapagos van het Oosten" genoemd. Ongeveer 90 procent van het eiland is bedekt met een oerwoud. Er zijn 300 tot 400 m hoge bergen, meer dan 40 rivieren en vele watervallen. Daarom komen de mensen hier niet alleen om te duiken, maar ook om van de eilandnatuur te genieten.

Hateruma Island ligt ten zuiden van Iriomote Island. Je kunt er met de veerboot naartoe vanaf Ishigaki Island, maar je kunt er ook vanaf Iriomote Island naartoe om te duiken. Er zijn geen bussen of signalen op het eiland. Alle duiken zijn bootduiken. De aantrekkingskracht van Hateruma is de hoge helderheid, soms meer dan 50 meter, en je kunt genieten van de prachtige blauwe zee die door het pure witte zand stroomt. Er zijn veel zandpunten aan de noordwestkust en drop-off punten en grote trekvissen aan de oostkust.

Het Yonara-kanaal passeert tussen Iriomoteiland en Kohama-eiland, dat 6 km lang en ongeveer 500 tot 900 meter breed is. De stroming is constant en soms zeer sterk. Dit is altijd een driftduik op een diepte van 9 tot 30 meter.

Dit is een klein eilandje in het oosten van Iriomote Island, ongeveer 16km in omtrek. Er is een luxe resort hotel op het eiland. Tussen dit eiland en Iriomote Island ligt de Yonara Waterway. Er zijn ongeveer 400 soorten kleurrijk koraal zoals tafelkoraal en eda-koraal rond het eiland, en de tropische vissen zijn erg mooi. Er zijn verschillende punten in de Yonara Waterway waar je manta's kunt tegenkomen.

Kuroshima ligt in het zuidwesten van het eiland Ishigaki. Het duurt ongeveer 30 minuten met de boot vanaf Ishigaki Island. De waterdiepte is ongeveer 17 meter. Er is geen stroming en het is leuk voor beginners. Het grootste deel van de site is een wortel waar zich een school van geelgeflankeerde koraalrifvissen bevindt en de dichtheid van de visschaduwen is overweldigend. Veel vleesetende vissen, waaronder grote baarzen, hebben zich verzameld om hiervan te profiteren. Tuinpalingen zijn ook te zien in de zanderige gebieden langs de weg.

Deze plek ligt aan de noordkant van Taketomi Eiland, ongeveer 15 minuten met de boot van Ishigaki Eiland. Er zijn verschillende gaten waar bellen uit het mortiervormige zand gutsen op een diepte van 20 meter. Dit is een unieke plek waar warmwaterbronnen bronwater gutst.

Deze duiklocatie, gelegen aan de noordwestelijke kant van Ishigaki eiland, heeft een van de hoogste percentages van ontmoetingen met manta's ter wereld. Het kan per boot worden bereikt in 10 tot 15 minuten. De waterdiepte is ongeveer 10-20m en het getij is relatief rustig maar kan soms sterker worden. Een kleine heuvel in het midden van de zee is een reinigingsstation waar de manta's op bezoek komen. De manta's zwemmen rond op een diepte van 5 tot 10 meter, zodat je ze kunt zien door te snorkelen.

Yonehara Reef is gevonden op het punt in Kawadaira, in het noordelijke deel van Ishigaki Island. Deze plek is alleen voor boten. De gemiddelde diepte is 5 tot 30 meter. Er is een koraalplank op 5 tot 6 meter diepte die in een zanderig gebied valt in 20 tot 25 meter water met drie wortels, dichtbevolkt met tafel- en wervelkoralen.