Dette er en liten øy øst for Iriomote Island, ca. 16 km i omkrets. Det ligger et luksushotell på øya. Mellom denne øya og Iriomote Island ligger Yonara Waterway. Rundt øya finnes det rundt 400 fargerike koraller som bordkoraller og eda-koraller, og de tropiske fiskene er svært vakre. Det er flere steder i Yonara Waterway hvor du kan se mantarokker.

Kuroshima ligger på den sørvestlige delen av øya Ishigaki. Det tar ca. 30 minutter med båt fra Ishigaki-øya. Vanndybden er ca. 17 meter. Det er ingen strøm, og det er morsomt for nybegynnere. Hoveddelen av stedet er en rot der det er en stime med gulflanket korallrevfisk, og tettheten av fiskeskygger er overveldende. Mange kjøttetende fisk, inkludert store havabbor, har samlet seg for å utnytte dette. Man kan også se hageål i sandområdene langs veien.

Dette stedet ligger på nordsiden av øya Taketomi, ca. 15 minutter med båt fra øya Ishigaki. Det er flere hull der bobler spruter ut av den mørtelformede sanden på 20 meters dyp. Dette er et unikt sted hvor det spruter varmt kildevann.

Iriomote Island er også kjent som "Østens Galapagos". Rundt 90 prosent av øya er dekket av urskog. Det er 300 til 400 meter høye fjell, mer enn 40 elver og mange fossefall. Derfor kommer folk hit ikke bare for å dykke, men også for å nyte øyas natur.

Dette dykkestedet, som ligger på nordvestsiden av øya Ishigaki, er et av de dykkeste i verden når det gjelder antall møter med mantarokker. Du kan nå stedet med båt på 10-15 minutter. Vanndybden er rundt 10-20 meter, og tidevannet er relativt rolig, men kan til tider bli sterkere. En liten høyde midt ute i havet er en rensestasjon der mantaene kommer på besøk. Mantaene svømmer rundt på 5-10 meters dyp, så du kan se dem ved å snorkle.

Yonehara Reef ligger på et punkt i Kawadaira, på den nordlige delen av øya Ishigaki. Dette stedet er kun tilgjengelig med båt. Gjennomsnittsdybden er 5 til 30 meter. Det er en korallhylle på 5-6 meters dyp som faller ned i et sandområde på 20-25 meters dyp med tre røtter, tett befolket med bord- og virvelkoraller.

Hateruma Island ligger sør for Iriomote Island. Du kan ta ferge dit fra Ishigaki Island, men du kan også ta deg dit fra Iriomote Island for å dykke. Det er ingen busser eller signaler på øya. Alle dykkene er båtdykk. Det som gjør Hateruma så attraktiv, er den høye klarheten, noen ganger over 50 meter, og du kan nyte det vakre blå havet som flyter gjennom den rene, hvite sanden. Det er mange sandstrender på nordvestkysten, og på østkysten er det drop-off-punkter og store trekkfisk.

Det ligger en ubebodd øy ca. 15 km sørvest for sørenden av Iriomote Island, som heter Ogan. Omtrent 1 time med båt fra Iriomote Island. Den berømte "Eastern Root" er et dynamisk terreng med enorme, skjulte røtter som stiger opp fra havbunnen på 40 meters dyp. Dette er et avansert sted på grunn av den raske strømmen.

Undervannsruinene ble oppdaget av en lokal dykker i 1986 og er et populært dykkested i Yonaguni sammen med hammerhaier. Det ligger ca. 15 minutter fra havnen. Ruinene består av en enorm trappeformet vegg som strekker seg 250 meter øst-vest og 150 meter nord-sør.

Den vestligste øya i Japan. Den ligger nærmere Taiwan enn Ishigaki. Det tar ca. 45 minutter å fly fra Ishigaki til øya. Høydepunktet på denne øya er den store sjansen for å se hammerhaier. Blant dem er dette punktet der steinene, som bygninger, står loddrett opp fra havbunnen på 35 meters dyp.