Koino Ura er et dykkested i Fukutsu City med utsikt over Genkai-havet, som er lett tilgjengelig fra både Kitakyushu og Fukuoka. Denne kysten er kjent for havskilpaddene som kommer hit for å legge egg i juli. Dette stedet brukes ofte til nybegynnerkurs fordi det er lett å komme inn og ut.

Denne øya ligger i Genkai-havet, 17 km fra nord til sør og 14 km fra øst til vest, midt mellom Kyushu og Tsushima. De dynamiske røttene, de fargerike korallene og planktonet som føres med strømmen, tiltrekker seg mye fisk. Det er også et sted hvor det finnes mange mystiske megalitter som ser ut som om de er hugget ut av mennesker.

Okinoshima Island ligger ca. 70 kilometer nord-nordvest for Fukuoka City og ble innskrevet på verdensarvlisten i 2017. Det finnes ingen offentlig transport til øya, og det tar omtrent to timer med båt.

Kujuku Island i Nagasaki Prefecture er et havområde med mange øyer som strekker seg 25 kilometer nord for Sasebo havn, og sies å ha den høyeste tettheten av øyer i Japan. Dykkingen kan deles inn i de nærliggende Kujukuøyene og ekspedisjonsområdet.

Qinghai Island er en nasjonalpark og er en bebodd øy som er forbundet med fastlandet med en bro. Det er to grusstrender som tilbyr båtdykking, og siden de to strendene ligger i hver sin retning, blir de sjelden avlyst på grunn av været.

Det tar ca. 90 minutter med båt fra Nagasaki til Goto-øyene, som består av mer enn 140 øyer av ulik størrelse som flyter rundt 130 km vest for Nagasaki. Kystlinjen er intrikat, så det finnes mange dykkesteder.

Fukashima, den sørligste øya i Oita-prefekturet, er en liten øy med ca. 30 innbyggere, som ligger ca. 9 km sør for Kamae havn. Det finnes nesten 100 katter på øya, men de fleste av dem er ikke huskatter, men øyekatter. To øyer, en i sør og en i nord, er forbundet med en sentral sandbanke som fra luften ser ut som en kalebass. Du kan til og med støte på delfiner og skilpadder når du ferdes på øya. Under vann finner du dynamisk terreng, vakre korallrev og fargerike bløtkoraller.

Det eneste sunkne slagskipet fra den japanske marinen som kan sees i Japan, sank på Katsura-øya i Yamaguchi-prefekturet i Seto-innlandshavet. Det er 224 meter langt og 34 meter bredt og ligger på 40 til 10 meters dyp.

Akihama ligger i den vestlige delen av Ehime-prefekturet og er et naturskjønt hav med en rias-lignende kyst og en fin, hvit sandstrand på ca. 300 meter. Her kan du oppleve et bredt spekter av livsformer, fra makrofisk til vandrende og rotfestet storfisk.

Dette er det første stedet i nasjonalparkens marine verneområde, "Flower Garden site #1". Det er et spesielt dykkested som er vanskelig å ankre opp og kan dykkes ved hjelp av drivdykking. Det er lett å dykke trygt i det grunne området på 5-12 m, men strømmen er ofte for rask, så velg sjøforholdene og dra dit når det ikke er noe problem.