Essa é uma pequena ilha no leste da Ilha Iriomote, com cerca de 16 km de circunferência. Há um hotel resort de luxo na ilha. Entre essa ilha e a ilha de Iriomote está o Yonara Waterway. Há cerca de 400 tipos de corais coloridos, como o coral de mesa e o coral eda, ao redor da ilha, e os peixes tropicais são muito bonitos. Há vários pontos no Yonara Waterway onde você pode encontrar arraias-manta.

Kuroshima está localizada na parte sudoeste da Ilha de Ishigaki. Leva cerca de 30 minutos de barco da ilha de Ishigaki. A profundidade da água é de cerca de 17 metros. Não há correnteza e é divertido para iniciantes. A parte principal do local é uma raiz onde há um cardume de peixes de recife de coral com flancos amarelos e a densidade de sombras de peixes é impressionante. Muitos peixes carnívoros, inclusive garoupas grandes, se reúnem para tirar proveito disso. As enguias de jardim também podem ser vistas nas áreas arenosas ao longo do caminho.

O Canal Yonara passa entre a Ilha Iriomote e a Ilha Kohama, com 6 km de comprimento e cerca de 500 a 900 m de largura. A correnteza é constante e, às vezes, muito forte. Esse é sempre um mergulho de deriva em profundidades de 9 a 30 metros.

Esse ponto de mergulho, localizado no lado noroeste da Ilha de Ishigaki, tem uma das maiores taxas de encontros com arraias-manta do mundo. É possível chegar de barco em 10 a 15 minutos. A profundidade da água é de cerca de 10 a 20 m e a maré é relativamente calma, mas pode ficar mais forte em alguns momentos. Uma pequena colina no meio do mar é uma estação de limpeza onde as arraias-manta vêm visitar. As arraias-manta nadam a uma profundidade de 5 a 10 metros, portanto, você pode vê-las com snorkel.

O recife de Yonehara fica no ponto de Kawadaira, na parte norte da ilha de Ishigaki. Esse local só pode ser acessado por barco. A profundidade média é de 5 a 30 metros. Há uma plataforma de coral de 5 a 6 metros de profundidade que cai em uma área arenosa de 20 a 25 metros de água com três raízes, densamente povoada por corais de mesa e de redemoinho.

A Ilha de Iriomote também é conhecida como "Galápagos do Leste". Cerca de 90 por cento da ilha é coberta por uma floresta primitiva. Há montanhas de 300 a 400 m de altura, mais de 40 rios e muitas cachoeiras. Portanto, as pessoas vêm aqui não só para mergulhar, mas também para desfrutar da natureza da ilha.

A Ilha Hateruma fica ao sul da Ilha Iriomote. Você pode chegar lá de balsa a partir da Ilha Ishigaki, mas também pode chegar lá a partir da Ilha Iriomote para mergulhar. Não há ônibus ou sinais na ilha. Todos os mergulhos são feitos de barco. A atração de Hateruma é sua alta claridade, que às vezes ultrapassa 50 metros, e você pode apreciar o belo mar azul que flui pela areia branca e pura. Há muitos pontos de areia na costa noroeste e pontos de queda e grandes peixes migratórios na costa leste.

Há uma ilha desabitada a cerca de 15 km a sudoeste da extremidade sul da Ilha Iriomote, chamada Ogan. Cerca de 1 hora de barco a partir da ilha de Iriomote. O famoso "Eastern Root" é um terreno dinâmico com enormes raízes ocultas que se erguem do fundo do mar a uma profundidade de 40 metros. Esse é um local avançado devido à correnteza rápida.

As ruínas subaquáticas foram descobertas por um mergulhador local em 1986 e são um ponto de mergulho popular em Yonaguni, juntamente com os tubarões-martelo. Fica a cerca de 15 minutos do porto. Uma enorme parede em forma de escada se estende por cerca de 250 m no sentido leste-oeste e 150 m no sentido norte-sul para formar as ruínas.

A ilha mais ocidental do Japão. É mais próxima de Taiwan do que a ilha de Ishigaki. Leva cerca de 45 minutos de avião para chegar à ilha de Ishigaki. O destaque dessa ilha é a grande chance de ver tubarões-martelo. Entre eles, esse é o ponto em que as rochas, como prédios, se erguem verticalmente do fundo do mar a uma profundidade de 35 metros.