As ruínas subaquáticas foram descobertas por um mergulhador local em 1986 e são um ponto de mergulho popular em Yonaguni, juntamente com os tubarões-martelo. Fica a cerca de 15 minutos do porto. Uma enorme parede em forma de escada se estende por cerca de 250 m no sentido leste-oeste e 150 m no sentido norte-sul para formar as ruínas.

Há uma ilha desabitada a cerca de 15 km a sudoeste da extremidade sul da Ilha Iriomote, chamada Ogan. Cerca de 1 hora de barco a partir da ilha de Iriomote. O famoso "Eastern Root" é um terreno dinâmico com enormes raízes ocultas que se erguem do fundo do mar a uma profundidade de 40 metros. Esse é um local avançado devido à correnteza rápida.

A Ilha de Iriomote também é conhecida como "Galápagos do Leste". Cerca de 90 por cento da ilha é coberta por uma floresta primitiva. Há montanhas de 300 a 400 m de altura, mais de 40 rios e muitas cachoeiras. Portanto, as pessoas vêm aqui não só para mergulhar, mas também para desfrutar da natureza da ilha.

A Ilha Hateruma fica ao sul da Ilha Iriomote. Você pode chegar lá de balsa a partir da Ilha Ishigaki, mas também pode chegar lá a partir da Ilha Iriomote para mergulhar. Não há ônibus ou sinais na ilha. Todos os mergulhos são feitos de barco. A atração de Hateruma é sua alta claridade, que às vezes ultrapassa 50 metros, e você pode apreciar o belo mar azul que flui pela areia branca e pura. Há muitos pontos de areia na costa noroeste e pontos de queda e grandes peixes migratórios na costa leste.

O Canal Yonara passa entre a Ilha Iriomote e a Ilha Kohama, com 6 km de comprimento e cerca de 500 a 900 m de largura. A correnteza é constante e, às vezes, muito forte. Esse é sempre um mergulho de deriva em profundidades de 9 a 30 metros.

Essa é uma pequena ilha no leste da Ilha Iriomote, com cerca de 16 km de circunferência. Há um hotel resort de luxo na ilha. Entre essa ilha e a ilha de Iriomote está o Yonara Waterway. Há cerca de 400 tipos de corais coloridos, como o coral de mesa e o coral eda, ao redor da ilha, e os peixes tropicais são muito bonitos. Há vários pontos no Yonara Waterway onde você pode encontrar arraias-manta.

Kuroshima está localizada na parte sudoeste da Ilha de Ishigaki. Leva cerca de 30 minutos de barco da ilha de Ishigaki. A profundidade da água é de cerca de 17 metros. Não há correnteza e é divertido para iniciantes. A parte principal do local é uma raiz onde há um cardume de peixes de recife de coral com flancos amarelos e a densidade de sombras de peixes é impressionante. Muitos peixes carnívoros, inclusive garoupas grandes, se reúnem para tirar proveito disso. As enguias de jardim também podem ser vistas nas áreas arenosas ao longo do caminho.

Esse ponto está localizado no lado norte da Ilha Taketomi, a cerca de 15 minutos de barco da Ilha Ishigaki. Há vários buracos onde as bolhas jorram da areia em forma de argamassa a uma profundidade de 20 metros. Esse é um local único onde jorra água de fontes termais.

Esse ponto de mergulho, localizado no lado noroeste da Ilha de Ishigaki, tem uma das maiores taxas de encontros com arraias-manta do mundo. É possível chegar de barco em 10 a 15 minutos. A profundidade da água é de cerca de 10 a 20 m e a maré é relativamente calma, mas pode ficar mais forte em alguns momentos. Uma pequena colina no meio do mar é uma estação de limpeza onde as arraias-manta vêm visitar. As arraias-manta nadam a uma profundidade de 5 a 10 metros, portanto, você pode vê-las com snorkel.

O recife de Yonehara fica no ponto de Kawadaira, na parte norte da ilha de Ishigaki. Esse local só pode ser acessado por barco. A profundidade média é de 5 a 30 metros. Há uma plataforma de coral de 5 a 6 metros de profundidade que cai em uma área arenosa de 20 a 25 metros de água com três raízes, densamente povoada por corais de mesa e de redemoinho.