ハンマーヘッドシャークと並ぶ与那国の人気ダイビングスポット「海底遺跡」。1986年に地元ダイバーによって発見された。港から約15分で到着する。階段状になった巨大な壁が東西約250ｍ、南北150ｍに渡って遺跡を形成している。水深は浅いが流れが速いときが多く注意が必要。本当に人工的にできた遺跡なのか、自然にできた物なのか議論されている。

西表島の南端から南西に15kmほど行った無人島でオガンと呼ばれる。西表島からボートで約１時間ほど。有名な「東の根」は水深40ｍの海底から巨大な隠れ根がそびえ立っており、ダイナミックな地形となっている。流れが速いため上級者向けのスポット。根のトップにつかまっていると大型回遊魚が現れる。約1.5ｍもあるイソマグロが群れで登場することもある。他にも砂地のポイントや洞窟のポイントなど、島の周りにいくつかのポイントがある。

西表島は「東のガラパゴス」と言われています。島の約90％は原生林に覆われています。 300から400メートルの高さの山、40以上の川と多くの滝があります。そのため、人々はダイビングだけでなく、陸上の自然を訪れるためにも島に興味を持っています。水中は魚が多く西表島ではマンタ見る可能性があります。

西表島の南にある島。石垣島からフェリーで行くこともできるが、西表島から遠征してダイビングすることもできる。島にはバスも信号もない。ダイビングは全てボートダイビング。波照間の魅力は透明度の高さで、50ｍを超えるときもあり、真っ白な砂地に抜けるような美しいブルーの海を楽しめる。島の東西で海の中の印象は大きく変わり、北西岸のポイントは砂地のポイントが多く、東岸のポイントではドロップオフや大型回遊魚が見られるポイントが点在する。

西表島と小浜島の間を通るチャネルで全長６km、幅約500〜900mほどもある。流れは常時あり時に大変強い。水深は9～30mでドリフトダイビングスタイル。ここの見どころは何と言ってもマンタだが、石垣島の他のマンタが見られるポイントと違うのは真っ白な砂地にマンタがいるということだ。そのため写真を撮影するダイバーには大変人気がある。また数多くのマンタが見られ、時には10個体以上のマンタを見ることができる。

西表島の東にある周囲約16kmの小さな島。島には豪華なリゾートホテルがある。この島と西表島の間がヨナラ水道である。島の周りには約400種類のテーブルサンゴやエダサンゴといったカラフルなサンゴが群生しており、トロピカルな魚が群れ大変美しい。ヨナラ水道にはマンタと遭遇できるポイントがいくつかある。

石垣島の南西部に位置する黒島。石垣島からボートで30分ほど。水深は17ｍ程度。流れもなく初心者から楽しめる。 メインとなるのはキンメモドキやスカシテンジクダイが群れている根があり、魚影の濃さは圧巻。それを狙って大きなハタをはじめたくさんの肉食魚が集まっている。 途中の砂地ではガーデンイールも見られる。

石垣島からボートで約15分の竹富島の北側にあるスポット。水深20ｍ付近のすり鉢状の砂地にポコポコと気泡の湧き出る穴がいくつかあり、温泉が湧いている一風変わったスポット。温度は48℃ほどで少し熱いが冬にこのポイントを訪れると温かくて気持ち良い。周囲の海水も温かい。水温差があるためサーモクラインが発生している。砂地の外側には根が点在し、フィッシュウォッチングも楽しめる。

石垣島の北西側に位置するダイビングスポットでマンタとの遭遇率の高さは世界有数。ボートで10～15分ほどで到達できる。水深10～20m前後で、潮の流れは比較的穏やかだが時折強くなる場合がある。海の中にある小高い丘がクリーニングステーションになっておりそこにマンタがやってくる。マンタが泳いでまわるのは水深5-10M程の深度なので、スノーケリングでも観察することができる。

石垣島北部・川平にあるポイント。ボートエントリー。水深は５～３０ｍほどで、水深５～６ｍの場所にはサンゴの棚が広がっており、そこから水深20～25mの砂地へ落ち込む。３本の根があり、びっしりとテーブルサンゴやエダサンゴが付いている。リーフの周りに広がる白いバラスのおかげで明るく開放的な雰囲気で初心者から楽しめる。